负责研究提出全市卫生事业发展的规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置；负责卫生系统的财务管理及业务指导，分配财政预算资金及财务收支决算和全市卫生统计工作；监督管理医疗卫生单位的医疗服务价格及国有资产；负责医疗卫生单位的计划财务、基建、大型医疗设备的管理和内部审计，指导全市医疗卫生单位的审计工作；负责有关财经政策的落实；协调国内外卫生贷款的利用工作。